1.工程老化
原有的農村小型水利工程年久失修，機器設備陳舊老化、效率低下。已不能適應當前農業發展需要。有些抗洪壩體基礎工程是幾十年前人工修建的，歷經洪水侵蝕已體無完膚，雖經修繕，但治標不治本，已基本失去抗洪能力，一旦發生水災，將造成巨大的經濟損失和社會損失。有些灌區上下水管網工程老化，干渠、支渠能承載部分工作，田間斗農渠因自然脫坡、無人管護等原因幾乎被填死，上下水困難，供求關系緊張，極易出現局部洪澇災害。部分灌區的排灌站為灌排兩用。機電設備和各種配套設施已使用多年，雖說能基本滿足灌溉和排澇需要，但時常出現這樣那樣的問題。如配電盤老化、電動機磨損、泵體老舊、壓力水箱滲漏、進出口閘門封不嚴、起動裝置不靈等，影響工作的連續性。
2.管理不當
農村小型水利工程設備是否真正發揮效能，管理至關重要。有些水管單位、部門和組織重建設輕管理，使部分工程運行幾年即出現疲態，浪費大量的資源和資金。這其中有制度制定方面的原因，也有管理和使用不當的原因。尤其近幾年，農民個人利益至上、集體觀念淡薄，只知用水、不愿管水，亂墾亂種、亂設置、亂攤占、亂截流、亂堵壩等現象屢見不鮮，導致灌區上下一片}昆亂，“跑、冒、滴、漏”現象較為嚴重。管理在水利工程發展過程中起核心作用。水利工程支離破碎，即使投入再增加、設備再先進，如果不加強管理，效率也會下降。
3.資金投入不足
某些農村地區的經濟發展相對滯后，縣、鄉政府財力不足，嚴重影響一些好工程、好項目的落實。國家雖然劃撥了專項補助，但地方財力跟不上，在其他融資渠道閉塞的情況下，資金到位困難，許多好項目無法落實。
4.專業技術人才缺乏
現在的農村水管單位雖然人員不少，但真正有學歷、懂管理的卻不多。例如，某農村水利管理站有員工85名，但正式員工只有5名，且學歷參差不齊，具有高中以上文化的只占10％，懂技術的更是寥寥無幾，通常是憑經驗工作。一旦遇到新技術、新情況、新設備，往往束手無策。由于某些原因，一些單位無法開展部分技術培訓，制約了技能型人才的培養及普通工作人員能力的提升。進而影響整個水管人才隊伍的建設與發展。
5.小型水利工程缺規劃缺布局
近年來。受市場經濟運行的影響，一些水利工程項目急功近利、盲目上馬，缺少宏觀布局和中長期規劃，且對工程項目的可行性缺乏有效評估，對工程效益的考量也較少。加之施工過程中對各環節的監管不嚴，導致工程建成后不是質量不合格，就是與其它領域的工程不協調，成為死工程或爛尾工程，浪費大量的人力、財力、物力。